第一种情况就是把一些藻类当成寄生虫，是显微镜检中最常见的错误。藻类中有许多是有鞭毛的，在一些人眼中，藻类是植物，植物都是不会运动的。其实就藻类而言，植物与动物区分并不明显，像有一种眼虫，你既可以说它是虫，也可以说是植物，它就相当于是界于植物与动物之间的过渡地带。另外还有更多的是可以运动的藻类，它们就是因为具有鞭毛，才具有了运动性，而且有些藻类在显微镜的视野下还跑得很快。对于水体中的藻类来说，只要具有鞭毛，基本都可以运动。有些藻类虽然没有鞭毛，比如蓝藻只具有假空泡，一样可以通过调节假空泡，随时调节在水层中所处的位置。
在显微镜检中，区分藻类与寄生虫的方法就是看有没有色素，假如有叶绿素，就可以排除寄生虫的可能。
第二种情况就是忽视倍率去判断寄生虫。比如指环虫大小肯定在0.1毫米到1毫米之间；但是鳃隐鞭虫、鱼波豆虫、锥体虫等，肯定就只能用微米测量，通常鱼波豆虫稍小一点，大小在几微米到十多微米不等；而鳃隐鞭虫大小也差不多，可能会稍稍大那么一点点，充其量也就在十到二十微米之间；而像锥体虫，最大的不过也就130微米。当心中有了虫体大小的基本概念，就可以方便辨认寄生虫。